Οι ενδιαφερόμενοι των πλοίων ιδιοκτησίας ή εκμετάλλευσής τους, που επιθυμούν τον ελλιμενισμό στο λιμάνι Χερσονήσου, μπορούν να υποβάλλουν αιτήσεις ελλιμενισμού, επισυνάπτοντας τα απαιτούμενα δικαιολογητικά ανά κατηγορία σκάφους-πλοίου.
Τα τέλη ελλιμενισμού καθορίζονται βάσει της υπ’ αρ. 8122.1/29/2014 (ΦΕΚ Β’ 2032) ΚΥΑ «Αναπροσδιορισμός δικαιωμάτων Λιμενικών Ταμείων και Δημοτικών Λιμενικών Ταμείων», ενώ το τελικό ποσό διαμορφώνεται βάσει της περιόδου ελλιμενισμού και του τρόπου πληρωμής που θα επιλέξει ο ενδιαφερόμενος. Ειδικότερα τα τέλη πρυμνοδέτησης, εάν καταβληθούν προκαταβολικά, παρέχεται έκπτωση:
α) 20% εάν προκαταβληθούν για ένα μήνα β) 30% εάν προκαταβληθούν για ένα εξάμηνο και γ) 40% εάν προκαταβληθούν για ένα έτος Το χρονικό διάστημα κατά το οποίο ο ενδιαφερόμενος δύναται να προκαταβάλλει τα τέλη ώστε να λάβει τις ανάλογες εκπτώσεις ξεκινά από την ημερομηνία κοινοποίησης της προέγκρισης του αιτήματος ελλιμενισμού και διαρκεί για χρονικό διάστημα πέντε (5) εργάσιμων ημερών.